Ченто е роден на 17 август 1902 година во Прилеп, како прво здраво дете, по неколкуте починати деца, на неговите родители Андон, кој по потекло бил од Лениште, и Захарија (Зака), која по потекло била од Плетвар.Уште од најрана возраст работел по прилепските тутунски и афионски полиња. Во младоста бил одличен и истакнат гимнастичар и член во Соколското друштво во Прилеп.
Завршил Средно трговско училиште во Прилеп и во 1926 година отворил бакалско-угостителски дуќан и обезбедувал пристојна егзистенција. На 25 март 1930 година, во Нови Сад, склучил граѓански брак со Василка Спирова Поп-Атанасова. Тоа предизвикало бурни реакции во конзервативната прилепска средина и по враќањето на младите во Прилеп, на 5 мај тие биле казнети со по 20 дена затвор заради вонбрачно живеење.
Со Василка, Ченто имал четири деца. Најстариот син, Илија Андонов-Ченто, во 90-те години напишал биографија за својот татко. Ченто ја прифатил и ја бранел македонската национална кауза уште од раната младост. Учествувал на изборите во 1935 година како заменик кандидат, а на изборите во 1938 година и како кандидат на листата на Здружената опозиција од листата на хрватскиот опозиционер Владко Мачек, бранејќи ја македонската национална кауза и залагајќи се за поголема слобода на Македонците и за отворање на училишта на македонски јазик.
На изборите во 1938 година, од вкупниот број гласови дадени за кандидатите на опозицијата, Ченто добил најмногу, но не бил избран за пратеник, заради државната манипулација со изборниот систем. Пред Втората светска војна повеќе пати бил претставник на Прилепскиот трговски еснаф, а во периодот 1935-1940 бил претставник на прилепските трговци во Индустриско-трговската комора во Скопје, каде што јавно истапил пред нападите на Српската влада дека народот во Македонија не е благодарен на сите добродети што ги направила Владата, велејќи дека, доколку се остави Македонија на Македонците, тие од нејзе ќе направат цветна градина и развиена економска земја.
Неколкуте вакви негови изјави биле рапортирани во Белград и биле оценети како сепаратистички и автономистички. Ченто бил еден од организаторите на Илинденските демонстрации во Прилеп (1940), за што бил затворен во затворот во Велика Кикинда. Во 1940 година, на собрание во Прилепската гимназија, јавно се противел на забраната од директорот за учениците да разговараат дома и на јавни места на македонски јазик, за што повторно бил затворен и интерниран во Баина Башта, каде што бил осуден на смрт за организирање на државен преврат и бил одведен на стрелање, но бил ослободен во последен момент на 15 април 1941 година. Уште на почетокот на бугарската окупација, на 26 април, Ченто добил покана да соработува со бугарските окупаторски власти.
Тој ја одбил поканата и наместо тоа, одбрал да соработува со оние, кои се залагаат за ослободување на Македонија од нејзините нови окупатори. Неговата продавница за алкохол во Прилеп станала сврталиште на комунистите од градот, поради што бугарските власти во 1942 година го интернирале прво во селото Мелница, близу Бугарско-турската граница, а потоа во логорот „Чучулигово“, Петричко (Пиринска Македонија). По неговото ослободување од интернација, Главниот штаб на НОВ и ПОМ, на 21 август 1943 година му испратило писмо, во кое го повикувале да се приклучи на НОБ. Во септември, на два пати се сретнал со својот сограѓанин Кузман Јосифоски-Питу, кој успеал да го убеди да се приклучи на НОБ. На слободната територија во Дебарца, Охридско, Ченто преминал во октомври 1943 година. Бил именуван за член на Главниот штаб, а по основањето на Иницијативниот одбор за свикување на АСНОМ, станал негов претседател. Како дел од Одборот, учествувал во подготовките и организацијата на свикувањето на АСНОМ.
На почетокот од мај 1944 година, Ченто, Емануел Чучков и Кирил Петрушев заминале за Вис, на средба со Народниот комитет за ослободување на Југославија на чело со Јосип Броз Тито. Средбата се одржала на 24 јуни, при што македонската делегација го поставила прашањето за обединување на Македонија по ослободувањето од окупацијата. Тито начелно се согласил, но не сметал дека тоа треба да биде непосредна задача. По враќањето на делегацијата од Вис, се привршиле подготовките околу АСНОМ, па на 2 август се одржало Првото заседание. На него Ченто бил избран за претседател на Президиумот на АСНОМ, на ова највисоко државно тело на Демократска Федерална Македонија (подоцна НР Македонија).
На самото собрание избувнувал скандал меѓу Ченто и пратеникот на Тито – Светозар Вукмановиќ-Темпо, односно, со струјата која влечела кон Титова Југославија и поканетите делегати од другите краеви на Југославија, при што понатаму ќе има негативни последици за Ченто. За време на извршување на својата фукнција, Методија Андонов-Ченто бил многу почитуван и сакан од народот и се залагал власта целосно да биде народна и народот да може слободно и преку истата врата, преку која влегуваат службениците, да влегува во институциите. Според неговите лични сведоштва, Методија Андонов-Ченто бил многу почитуван и од самиот претседател на Југославија, Јосип Броз Тито, кој успеал да го убеди да се кандидира за пратеник на изборите во 1946 година и покрај опструкциите, кои му се правеле на Ченто од КПМ (Лазар Колишевски). Првите несогласувања на Ченто со комунистите, особено со Светозар Вукмановиќ–Темпо, почнале многу брзо по неговото преминување на слободна територија. Меѓу другото, Ченто упатил забелешки на содржината на Манифестот на Главниот штаб. По ослободувањето на земјата, несогласувањата со тогашниот македонски врв продолжиле.
Ченто се противел 15-от македонски корпус да оди на Сремскиот фронт, се залагал за обединување и поголема самостојност на Македонија, се противел на враќање на имотот на избеганите српски колонисти и се залагал за поголема финансиска независност и залагање за сопствен буџет на Македонија и на останатите југословенски републики.
Комунистите пополека му ја одзеле реалната власт и поради несогласувањето со мерките што ги презеле комунистите, Ченто на 14 март 1946 година поднесол оставка на функцијата Претседател на Президиумот на Народното Собрание на Македонија. Сакал да се повлече од политиката и во мир да живее во Прилеп, но на 14 јули бил уапсен од полицијата пред својата куќа во Прилеп, а на 31 јули, Министерството за внатрешни работи објавило дека Ченто бил уапсен поради обид за бегство во Грција. На 19 ноември 1946 година, се одржало судење по сценарио на Видое Смилевски-Бато, во кое обвинението го читал Благоја Попоски, а му суделе Коле Чашуле и Лазар Мојсов, заедно со Панта Марина.
Судењето траело доста кусо и по два дена, на 21 ноември, првиот македонски претседател – Ченто, бил осуден на 11 години затвор со присилна работа и потоа 5 години губење на граѓанските и политичките права. Затворен бил во скопскиот затвор „Идризово“, каде што во најтешки услови бил во „специјалната ќелија“ и бил чуван од посебна стража, а му биле дозволувани триесет минутни прошетки на одредено место во затворот и еднаш неделно биле дозволувани посети на членовите на неговото семејство.
Во затворот останал 9 години и 50 дена, од кои 59 месеци во потполна изолација. Додека бил во затвор, властите често му нуделе да признае и потпише дека згрешил и се покајува, по што животот ќе му бил наполно обезбеден. Во тој период страдал од хронична анемија и во отсуство на лекарска помош се разболел од рак на желудникот.
Пуштен бил условно на 4 септември 1955 година, по одлежани 9 години и 4 месеци затвор. Сепак, затворскиот живот оставил траги врз неговото здравје. Барал од Тито да му дадат пасош за да отиде да се лечи во Швајцарија, но бил одбиен.
Осамен и во тешки болки и маки, Ченто на 24 јули 1957 година умрел од рак на желудникот, во својот дом во Прилеп. Неговиот град, и покрај сите забрани од Комунистичката партија, достојно го испратил до вечниот дом. Долги години по смртта, Методија Андонов-Ченто бил табу тема и ретко бил спомнуван во историските книги и учебници, а и јавните разговори поврзани со него биле строго забранети.
Во 1990 година, на барање на неговиот син Илија Андонов-Ченто, бил обновен судскиот процес против него и на 22 октомври, по повторената кривична пресуда, Окружниот суд во Скопје ја укинал пресудата од 1946 година.
На 22 октомври 2010 година, претседателот на Република Македонија постхумно го одликувал Ченто со „Орден на Република Македонија“, орден кој го имаат само поранешните претседатели на Македонија и три реномирани македонски институции.Уште од најрана возраст работел по прилепските тутунски и афионски полиња. Во младоста бил одличен и истакнат гимнастичар и член во Соколското друш
