Чудна сила уривала се што ќе почнело да се гради на темелите на старата црква. По земјотресот во 1963 година, властите одлучиле на местото на црквата да изградат културен дом, но сите обиди нешто да се изгради биле кобни- работниците се повредувале, а двајца ги затрупале тукушто изградените темели.
Она што ја прави оваа црква поразлична од другите, е тоа што објектот е само привремено подигнат, во близина на темелите на некогашната црква “Света Богородица” која била заштитничка на Скопје. Таа во себе ја крие историјата на градот, испреплетена со многу легенди и мистерии. Старите скопјани не само што ја чувствуваат црквата “Света Богородица” како заштитничка на Скопје туку, поради мистичните и натприродни случувања, сметаат дека местото на кое е изградена е свето и на него не може да има ништо друго освен црква.
-Старата црква “Света Богородица”, чие цело име гласи “Рождество на Света Богородица”, била изградена во 1835 година кога Македонија била дел од Османлиската Империја. Во тоа време, Македонците не смееле да градат цркви”, вели протојереј Методи Лазаревски, кој денес работи во “Св. Богородица”. “Тогаш никој не смеел да гради црква. И оние што се изградени, направени се ниски, повеќе во земја. За да ја изградат “Света Богородица“, христијаните се послужиле со итрина, затоа што само на тој начин можеле да ја изградат. На местото на црквата тие закопале икони и крстови, а потоа отишле кај султанот да бараат дозвола на тоа место да изградат црква, со образложение дека е свето. Султановите служители дошле во Скопје, копале на посоченото место и кога навистина нашле закопани христијански обележја, султанот им дал дозвола да изградат црква, вели прота Лазаревски.
Таа била подигната за многу кусо време, а се зборува дека, покрај бројните еснафи кои дале свој придонес, најмногу пари за нејзина изградба дал некој богаташ кој имал два сина. Каменот со кој ја граделе бил пренесуван од човек на човек од каменолом во подножјето на Водно, па преку Вардар. Во изградбата учествувале 10.000 луѓе кои работеле со голем ентузијазам за да се заврши што побрзо. Таа била една од најголемите цркви во Скопје и прераснала во Соборен храм. Веднаш до неа била сместена Митрополијата, а само на неколку метри од неа, подоцна никнала и малата црква “Света Мина”. Самото тоа што била Соборен храм, говори дека била многу посетена, во неа се крштевало и се венчавало, се држеле литургии и се славело христијанството.
-“Света Богородица“ беше голема и многу убава црква. Внатре целата беше во резби од борово дрво. Sидовите беа покриени со златни икони. Постојано беше полна со луѓе. Јас сум венчана во неа и таа ми е во најубавите спомени, вели Милка Дебарлиева, која израснала во Пајко маало каде што сега се темелите на црквата.
Баба Милка се сеќава и на времето кога црквата била запалена и опљачкана во 1943 година, за време на бугарската окупација.
-И денес пред очи ми е таа слика. Додека пламенот уште не беше многу голем, Бугарите влегуваа внатре и ги изнесуваа златните икони. Ништо не оставија. По огнот, од црквата останаа само изгорени sидини, но традицијата никој не можеше ниту да ни ја запали ниту, пак, да ни ја украде. За празниците ние продолживме да се собираме тука. Ги чистевме камените плочи и традицијата ја одржувавме во урнатините кои за нас беа свети, раскажува баба Милка.
Со палењето и пљачкосувањето, скопјани ја изгубиле својата заштитничка. Баба Милка верува дека од тогаш работите во градов тргнале на лошо – поплава, земјотрес, па се до ова што се случува денес. Таа вели дека за време на комунизмот им ги одзеле и урнатините. По земјотресот, државата решила на темелите на црквата да изгради културен дом, но токму тогаш се покажало дека местото каде што е црквата е свето.