Смрта на бугарскиот цар Петар во 969 година, устоличувањето на византискиот император Јован I Цимискиј (969 – 976) на местото на Никифор I Фока (963 – 969), како и влезот на руската војска предводена од кнез Свјатислав длабоко на територијата на Бугарија, овозможиле во Македонија да се создадат поволни политички услови за ослободување од власта на бугарските завојувачи. Смрта на бугарскиот цар Петар во 969 година, устоличувањето на византискиот император Јован I Цимискиј (969 – 976) на местото на Никифор I Фока (963 – 969), како и влезот на руската војска предводена од кнез Свјатислав длабоко на територијата на Бугарија, овозможиле во Македонија да се создадат поволни политички услови за ослободување од власта на бугарските завојувачи. Ослободителното востание кое го кренале Давид, Мојсеј, Арон и Самуил, синови на комитопулот Никола, резултирало со создавање на посебна средновековна македонска држава, која  станала целосно независна дури по смрта на Јован Цимискиј во 976 година.
Јован Кириотес митрополитот на Метилена или Јован Геометар, како што бил наречен, кој живеел во X век, составил неколку епиграми и пригодни песни, во кои ги прикажал современите личности и настани од тој период. Во песната „На комитопулот“, составена околу 990 година, го преставил „комитата“ кој во востанието од 969 година, со оган го пустошел Западот(Епир, Македонија, Тракија, Тесалија, Елада, Пелопонез  и други теми). Во својата песна ќе напише:
„Комета го потпалуваше небото,а комес долу го запалуваше западот.Симбол на онаа ѕвезда е на мракот сегашен,тој згаснуваше со сјајот на Деницата.Се јави овој со заодот на Никифор,овој страшен Тифон меѓу злосторниците
Гори се: А кај се рикањата на силататвоја, водачу на непобедливиот Рим.По природа ти цару, по дела, победнику,поткрени се малку од гробот, рикни лаве, тинаучи ги лисиците да живеат во пештерите.
Следејќи ги записите од тоа време, во науката се повеќе преовладува мислењето дека свој придонес во востанието на комитопулите дале богомилите. Во X век богомилството претставувало  движење кое своите прврзаници во најголем дел ги регрутирало меѓу сиромашните слоеви на народот, но не биле одминати ни високите слоеви на благородниците. Брзото ширење на богомилското движење кое било насочено против црковната и световната власт го принудило бугарскиот цар Петар да преземе енергични мерки за негово ликвидирање. За таа цел тој побарал и добил инструкции од цариградскиот патријарх Теофилакт. Според известувањето на Козма, тогаш настрадале голем број богомили кои биле биле апсени и спалени на клада.
Притиснати и прогонети како еретици од бугарската и византиската власт, иако спротивно на нивните верски убедувања, тие ќе го формираат јадрото на вооружениот отпор во Македонија. Ако се има во предвид дека Самуил е од православна вероисповед, за што сведочат повеќе докази меѓу кои пренесувањето на моштите на Св Ахил во Преспа, по освојувањето на Лариса во 986 година и издигнувањето на Светиклиментовата црква на ранг на патријаршија, како и надгробната плоча на неговите родители со сите карактеристики на православен споменик, тогаш сигурно изненадува неговиот толерантен однос кон богомилите и богомилството движење.
Меѓутоа во состојба на постојана воена конфронтација, најпрво против бугарските а подоцна и против визанстиските власти, посебно со византискиот император Василиј II (976 – 1025 год.), соработката на Самуил со Богомилите се јавува како историска нужност. Оваа соработка не била предодредена од религиозни причини, туку реална потреба од сојузништво во тешката борба против заедничкиот непријател и завојувачките планови на Василиј II. Но тука неможат да се избегнат и личните мотиви на Самуил за воспоставување на тесни односи со богомилите, особено што тоа нашло свои приврзеници во потесното негово семејство. Во житието за Јован Владимир се зборува дека синот и ќерката на Самуил, Гаврило Радомир и  Косара, жената на Јован Владимир,  станале прврзаници на богомилската отровн ерес.
Сепак најзначајно кај богомилството е нивната концепција за постоење на трите земски царства: грчкото, алеманското и царството на славјаните. Тоа добива политичка димензија која се спротивставува на раководната улога на Византија, која тежнее за воспоставување на единствено и вечно христијанско царство и истовремено ги одвојува трите народи. Вака поставената концепција на богомилите кои се спротивставуваат духовната и културната доминација на Византија и ги прави жестоки противници на византиската црква, не ја исклучува можноста за начелото на диференцирање и равноправност на народите, па оттука и произлегува и толерантниот однос како на црквата така и на државниот апарат на Самуиловата држава кон нив.
Дека политиката на Самуил оди во таа насока, може да се види кога на чело на Охридската архиепископија во 1000 година, наместото на Герман-Гаврило, доаѓа Филип за кого се претпоставува дека е од славјанско потекло и кој македонската црква ја дистанцира од поранешната духовна, културна и јазична доминација на Цариград. Во овој период се создава материјална и духовна култура со македонски обележја, како израз на самобитноста на народот од Македонија. Се појавува нов автентичен стил во архитектурата, живописот и во книжевноста. Но, кога сме кај книжевноста која има поголемо значење отколку самото препишување и преведување, досега од времето на Самуил не е откриен документ со кој црквата би ги осудила богомилите. Сето тоа значи дека заедничките цели ги обединувале, а богомилите имале голема слобода на движење.
Најчесто почетоците на воспоставување на сопствен идентитет во Македонија, се поврзуваат со просветителската дејност на св. Климент и св. Наум, кој потоа бил целосно заокружен со создавањето на македонската средновековна држава и на Охридската архиепископија. Сепак корените на сопствениот идентитет досегаат многу подлабоко отколку во Охридската книжевна школа, Самуиловата држава и Охридската архиепископија. Една од нишките се богомилите во Македонија.Смрта на бугарскиот цар Петар во 969 година, устоличувањето на византискиот император Јован I Цимискиј (969 – 976) на местото на Никифор I Фо