Фондацијата „Трајче Мукаетов“ и годинава традиционално доделува 35 нови стипендии, и тоа 15 за студенти на Фармацевтскиот и 20 за студенти на Медицинскиот факултет при Универзитетот „Св. Кирил и Методиј“ Скопје, за учебната  2016/2017 година.Согласно објавениот јавен конкурс, изборот на стипендистите за учебната 2016/2017 година е усвоен од страна на Управниот одбор на Фондацијата, по предложената прелиминарна листа од Kомисиите за распределба на стипендии. Во составот на Комисиите влегуваат претставници од Фондацијата, од двата факултети, како и претставници од редовите на студентите. 
Стипендијата изнесува 6.500 денари во текот на 12 месеци. Имињата на стипендистите ќе бидат објавени  во печатените медиуми, а Извршната канцеларија на Фондацијата ќе ги контактира за потпишување договори за стипендирање.
Согласно програмските политики за поддршка на млади и амбициозни кадри кои своите кариери ги посветиле на македонското здравство и фармација, почнувајќи од учебната 2009/2010 година, Фондацијата „Трајче Мукаетов“, доделува и еднократна парична награда на првенците на генерациите на Медицинскиот и Фармацевтскиот факултет при УКИМ, во висина од 1.200 евра во денарска противвредност. Годинава, еднократна парична награда ќе добијат: Никола Јовановиќ од Фармацевтскиот факултет, со просек 9,93 и Марко Костовски од Медицинскиот факултет со просек 9,97. Никола Јовановиќ од Фармацевтскиот факултет е и стипендист на Фондацијата „Трајче Мукаетов“. 
Почнувајќи од учебната 2007/08 година, Фондацијата стипендира/ше вкупно 379 студенти по фармација и медицина, вклучувајќи ги и новите 35 во учебната 2016/17. Од нив, 142 студенти по фармација и 108 по медицина се веке дипломирани (вкупно 250). Доколку ги исполнат предвидените услови, на стипендистите им  продолжуваат стипендиите и во текот на наредната учебна година. Од 2009 година до денес, својата кариера во „Алкалоид“, во одделите на сегментот Фармација ја започнале 40 од стипендираните студенти на Фондацијата. 
Фондацијата „Трајче Мукаетов“ е основана со одлука на Управниот одбор на „Алкалоид АД“ Скопје. Фондацијата чиј основач е самата компанија, има за цел стипендирање, донирање и финансирање на талентирани доктори и фармацевти, како и финансиска поддршка на проекти од овие две области.
Досегашните проекти претставуваат доказ за остварување на заложбите на Фондацијата за поддршка на фармацијата, медицината и науката, пред сѐ преку поддржување на млади, амбициозни кадри кои својата кариера ја посветиле на овие дејности.
Фондацијата е основана во чест на Трајче Мукаетов, кој на чело на „Алкалоид АД“  Скопје застана во 1985 година, а главно обележје во неговиот мандат е интензивирањето на растот и развојот на компанијата во водечка фармацевтска компанија во регионот. Во контекст на посветеноста и перманентниот развој, овој голем стратег и визионер сметаше дека важен параметар е зголеменото ниво на инвестирање во научни, истражувачки и развојни активности, вложувања кои се неопходни за посакуваниот просперитет.Согласно објавениот јавен конкурс, изборот на стипендистите за учебната 2016/2017 година е усвоен од страна на Управниот одбор на Фондаци