Насер паша подготвил план за систематско уништување на востаниците. Востанатите територии ги поделил на сектори во зависност од востаничките центри и топографските услови. Во секој сектор биле испратени големи воени сили кои имале задача да ги опколат востаниците и постепено да го стегаат обрачот околу нив и на тој начин да ги уништат востаниците. Сепак треба да се истакне дека со овој план турската армија не успеала да ги уништи воружените сили на Организацијата.
Востаниците од опколените области успеале навремено да се извлечат и да се префрлат во штотуку пребарани области. Востаниците избегнувале директни судири со армијата. Сепак турската армија со својата големина и оружје успеала да го задуши востанието. Централната власт, поддржана од германската дипломатија и наредила на својата армија да започне со систематско палење и уништување на христијанските села кое било проследено со колеж врз неборечкото население.
Главната цел на овој план не била да се уништат востаничките сили тука да се изврши притисок врз Македонската Револуционерна Организација, четите и востаниците да се откажат од борбата. Една од најжестоките и најкрвави борби во Пиринска Македонија се одиграла на 1 септември кај селото Пирин. Во таа борба учествувале 500 востаници под команда на Јане Сандански. Во текот на борбата паднале 7 востаници, а 80 Турци биле убиени или ранети. Јане Сандански води и втора голема битка кај Обротиште, Свети Тројца, на 13 септември загинуваат 2 востаници, а Турци можеби повеќе од 80.
Четите во Солунскиот Револуционерен Округ имале големи борби со турската војска кај „Баш-Бунар, Гандача, на Пајак Планина, и кај селата Постолар и Аматово – кукушка околија. Во Охридската околија, во месноста Рашанец, планинска долина помеѓу селата Куратица, Речица, Свињишта, Олејница и Сируласе наоѓал еден од најглавните логори на востаниците со 1.700 мажи, жени и деца.
На 13 август логорот бил опколен со 10.000 турски војници со артилерија и товари петролеј за палење на шумата во близина на логорот. По десетчасовна борба, востаниците биле разбиени. 32 биле убиени, а другите стотина ја пробиле опсадата и се спасиле во планините. Во овој логор се убиени 158 невооружени мажи, жени и деца. Други големи битки во Охридската околија се водени во селата: Сирула, Оздољани, Сошани, Издеглавје, Лешани, Локтиње, Слатино, Врбјани, Ботун, Брежани, Ташмаруништа и Вевчани.
По востанието МРО пак го спровела планот за демобилизација на востаниците. На 2 октомври 1903 година, Главниот штаб на Смилевската околија донел одлука за организирана демобилизација на востаниците. Планот за демобилизација предвидувал распуштање на востаниците и нивно враќање дома, собирање и складирање на оружјето, засолнување на компромитираните револуционерни раководители и дејци, раководниот кадар на теренот да биде сведен на минимум, а веднаш потоа Борис Сарафов заминал за Софија. Даме Груев започнал со спроведување на планот за демобилизација и успеал да собере околу 350 пушки. Груев на компромитираните востаници им советувал да не се предаваат на турската армија, туку на дипломатсикте претставници. По објавувањето на демобилизацијата во Битолско останале Даме Груев, Атанас Лозанчев, Ѓорче Петров, Пере Тошев, Ѓорѓи Сугарев и други. Исходот од востанието е катастрофален, а вака изгледа прикажан во бројки 1.000 убиени, 200 опожарени села, 4.700 убиени жени, деца и стари луѓе 3.000 обесчестени жени и девојки, 70.000 обездомени, 30.000 бегалци во Бугарија.
