Убиството на Аркан е мистерија, а според многумина тој и не е мртов. Како можни мотиви за убиството на Аркан, се споменуваат потенцијална опасност по поранешниот Претседател на Југославија Слободан Милошевиќ. како и блиските односи со Хашкиот трибунал.
Поединечни сведоци посочуваат дека Аркан би можел да се сврти против Милошевиќ, откако државата одбила неговата Српска доброволна гарда да се вклучи во борбата на Косово и Метохија.
Исто така се претпоставува дека Аркан можел во еден ден да ја собере својата војска и да ја вооружи до заби.
Поранешен заменик шеф на ДБ Мијатовиќ, дал една од најрационалните одговори на оваа теорија:
Доколку Аркан преживеа тој со сигурност ќе преминеше на посилната страна. Сигурно не би го ризикувал животот бранејќи го Милошевиќ. Еден на друг предизвикуваа проблем а не сојузници како што многумина мислеа.
Како што пишува newsweek, ДБ по веќе пробан рецепт го “работел Аркан” па така разбрале дека тој сака на Хад да ја потврди врската помеѓу неговата гарда и Слободан Милошевиќ,  што претставува причина да се издаде наредба за негова ликвидација.
Додека пак криминологот Златко Николиќ вели дека Аркан бил човек на Милошевиќ.
Како можни мотиви за убиството на Аркан, се споменуваат потенцијална опасност по поранешниот Претседател на Југославија Слободан Милошевиќ. како и